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Epitope mapping 서비스

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Epitope mapping

Epitope mapping은 재조합 혹은 정제된 항체(antibody) 또는 혈청(serum)내 항체가 항원단백질의 어느 부위에 결합하는지 확인하는 것입니다.PEPperPRINT사의 특화된 PEPperCHIP 플랫폼 기술을 기반으로 기존 peptide를 합성해서 슬라이드에 결합시키는 것인 아닌 아미노산 프린터를 사용하여 슬라이드에 아미노산을 직접 인쇄하여 peptide array를 아래 그림과 같이 제작합니다. Peptide의 방향을 일정하게 하여 Epitope mapping의 정확도가 높습니다.

특장점

  • 아미노산을 chip에 프린트 하듯이 펩타이드 합성
  • 저렴한 비용, 빠른 분석
  • 고밀도/고함량 chip (1,000 펩타이드/cm2)
  • 동일 peptide에 대해 duplicate spot 생성 및 반복시험으로 결과의 신뢰도 최대화
  • 한 슬라이드로 multi array 가능
  • 15개 펩타이드로 14 overlap 하여 펩타이드 합성

고객준비사항

  • 단백질서열
    • - Array를 만들 서열(Antigen)
  • Analyte
    • - 항체, serum, ascites, 단백질 모두 확인 가능
    • - 항체필요량
      • · Linear epitope mapping : 20 ~ 30 ug (serum : 20 ~ 40 ul)
      • · Conformational epitope mapping : 100 ~ 200 ug (Serum : 200 ~ 400 ul)

Epitope mapping 종류

  • Linear epitope mapping
  • Conformational epitope mapping
  • Epitope substitution 스크리닝
  • Cross-reactivity 스크리닝
  • Discovery 스크리닝

Linear Epitope mapping

  • 15개 펩타이드를 14 overlap 하여 합성

Conformational Epitope mapping

  • Alpha-helix 구조와 유사한 loop 형태로 7개, 10개, 13개 펩타이드를 합성하여 확인
  • Linear Epitope에서 확인 되지 않는 epitope가 Conformational epitope mapping에서 확인 가능

응용분야

  • 항체 분석
    (Cross-reactivity분석 + Epitope mapping + Epitope substitution Scan)
    • - 먼저, 개발한 항체와 Cross-reactivity가 있는 단백질을 HuProt® Human Proteome Microarray v4.0(21,000여개 이상의 모든 인간 단백질의 전체 sequence array)로 선별합니다. 선별된 단백질의 sequence를 overlap한 PEPperCHIP® Peptide Microarray로 epitope mapping을 진행해 항체와의 결합하는 epitope를 확인합니다. Epitope 심층분석을 위하여, epitope의 아미노산을 치환하는 PEPperMAP® Epitope Substitution Scan을 통해, 항체와 결합하는 epitope 서열의 특성을 분석하여 항체 유효성 검사 과정을 수행 할 수 있습니다.

  • Biomarker Discovery
    • - Viral proteome을 highly-overlapping한 Microarray에 여러 감염자의 혈청과 미감염자의 혈청 분석을 실시합니다.
      감염자와 미감염자간의 혈청 내 항체가 붙는 epitope 분석을 통하여, immunodominant epitope를 확인 할 수 있습니다.

HDX-MS Epitope Mapping

앱클론이 Rapid HDX-MS™ (Hydrogen-Deuterium-eXchange Mass Spectrometry) 기술을 이용하여
항원의 epitope 을 고차원 구조로 규명하는 구조적 epitope mapping 서비스를 제공합니다.
Rapid HDX-MS™는 적은 양의 시료로 단기간에 단백질간 결합 부위를 고차원 구조로 밝힐 수 있는 고성능
장비로서 단백질의 미세한 구조적 차이를 발견할 수 있는 기술입니다. 높은 resolution 과 >99%
sequence coverage 를 가지고 있고, Rapid HDX-MS™기술에 추가적으로 artificial intelligence (AI) 를
적용하여 epitope 예측 개선 및 항원-항체 수백 쌍에 대한 구조적 epitope mapping 까지 가능합니다.
이를 통해 보다 명확한 epitope candidates 를 제공할 수 있습니다.

Rapid HDX-MS™ technology

Rapid Novor는 HDX-MS 기술 이용한 LC-MS/MS 방식으로 항원의 구조적 epitope 을 분석합니다. 항원-항체 complex 및 free 상태 각각에서 단백질 표면의 hydrogen
(수소) 이 deuterium (중수소) 으로 치환되는 속도 차이를 이용합니다. 항원-항체 complex 의 epitope 부위는 치환 속도가 지연되므로, 이를 시간순으로 분석하여 치환
속도가 지연되는 부위를 찾음으로써 정확도 높은 구조적 epitope mapping 이 가능합니다.

서비스 Flow

  • Labeling
    • 항원-항체 complex 및 free 상태 각각을 D₂O 용액에 3 time points (e.g. 2분, 10분, 30분) 동안 넣어놓고 hydrogen 이 deuterium 으로 치환되게 합니다.
  • Quenching
    • 추가 교환 및 역교환 현상을 방지하기 위해 냉장 보관하는 등 온도 조절을 합니다.
  • Digestion
    • 효소 처리를 하여 항원-항체 complex 및 free 상태의 단백질을 짧은 펩타이드로 만듭니다.
  • LC-MS/MS
    • 각 시간대별 펩타이드에 대해 시행합니다. 이때 hydrogen 과 deuterium 의 weight 차이에 따라 검출 속도가 달라집니다.
  • Data analysis
    • 각 시간대별 항원-항체 complex 및 free 상태의 펩타이드 결과를 비교하여 분석합니다.

결과 분석 예시

고객준비사항

    • - 항원: 200 µg
    • - 항체: 200 µg
    • - 항원 시퀀스

소요기간

    • - 2~4주

추가 이용 가능 서비스

  • Epitope Screening (HDX-MS + AI)
    • : 항원-항체 1쌍부터 수백 쌍에 대한 epitope mapping 이 가능합니다. AI 를 이용해 항원의 3D 구조에서 epitope 을 예측하고, HDX-MS 를 통해 epitope mapping 후,
      그 결과를 AI로 다시 분석함으로써 epitope 을 보다 정확히 밝힙니다.
  • Customizing
    • : 그 외 단백질 복합체, 단백질의 형태 변화, ligand 및 기타 구조적 관심사에 대해 고객 맞춤형 분석을 제공합니다.

적용 분야

    • - 항체 결합 및 단백질 복합체 분석
    • - Epitope 별 항체 분류
    • - Glycosylation 분석
    • - 진단 및 치료용 항체 개발
    • - Antibody-drug conjugates (ADC) 안정성 분석
    • - 특허 획득 위한 단백질 결합 부위 확인

서비스 제안서 보기

자세한 서비스 내용과
견적은 “서비스제안서”
에서 확인할 수 있습니다.

문의사항

02-2109-1269